দেশটির বড় অংশ খোলাখুলিভাবে বিদ্রোহ করে। পরবর্তীতে পারচাম সরকার দাবি করে যে, আমিন ও তারাকীর শাসনামলে এসব বিদ্রোহের প্রত্যুত্তরে প্রায় ১১,০০০ লোককে মৃত্যুদণ্ড দেয়া হয়[21]। অক্টোবরে পাকিস্তান সীমান্তের নিকটে দেশের উত্তর-পূর্ব অংশে কুনার উপত্যকায় নূরিস্তানি উপজাতিগুলো বিদ্রোহ করে, এবং শীঘ্রই বিদ্রোহ অন্যান্য নৃ-গোষ্ঠির মধ্যে ছড়িয়ে পড়ে। ১৯৭৯ সালের বসন্তকালের মধ্যে দেশের ২৮টি প্রদেশের মধ্যে ২৪টিতেই বিদ্রোহ দেখা দেয়[22][23]। বিদ্রোহ শহরগুলোতেও ছড়িয়ে পড়ে: ১৯৭৯ সালের মার্চে হেরাত শহরে ইসমাইল খানের নেতৃত্বে বিদ্রোহ আরম্ভ হয়। এই বিদ্রোহকালে ৩,০০০ থেকে ৫,০০০ মানুষ নিহত হয় এবং প্রায় ১০০ সোভিয়েত নাগরিকও প্রাণ হারায়[24][25]।